Dalam karir bermainnya, Agostini bergabung dengan Cagliari pada Januari 2004. Ia memperpanjang kontraknya pada tahun 2006 hingga 2009, dan kemudian pada tahun 2008 hingga 2011.
Setelah pensiun sebagai pemain, Agostini memulai karir kepelatihannya. Ia ditunjuk sebagai pelatih kepala tim Under-19 Cagliari untuk musim 2020-2021. Pada bulan Juli 2021, Agostini berhasil mendapatkan lisensi kepelatihan UEFA A.
Pada tanggal 2 Mei 2022, setelah Walter Mazzarri dipecat dari posisinya sebagai pelatih kepala Cagliari menjelang berakhirnya musim, Agostini ditunjuk sebagai manajer sementara dengan harapan dapat membalikkan keberuntungan klub. Namun, Agostini gagal menyelamatkan Cagliari dari degradasi dan meninggalkan posisinya pada akhir musim setelah klub memilih Fabio Liverani sebagai pelatih permanen baru. Agostini kemudian sepakat untuk mengakhiri kontraknya dengan Cagliari.
Pada tanggal 6 Januari 2023, Agostini diumumkan sebagai pelatih tim muda Under-19 Genoa, menggantikan Alberto Gilardino setelah yang terakhir ditunjuk sebagai pelatih kepala tim utama.
Referensi: