Karier klub Yussuf dimulai saat ia berusia 16 tahun dengan menandatangani kontrak profesional pertamanya bersama Enyimba International. Ia kemudian melanjutkan karier di Union Bank dan penampilannya di tim senior menarik perhatian pelatih tim nasional pemuda.
Setelah menarik minat klub-klub seperti PSV Eindhoven dan VfB Stuttgart, Yussuf bergabung dengan Dynamo Kyiv pada bulan Juli 2003. Pada tanggal 5 Agustus, ia melakukan debutnya di tim cadangan klub, FC Dynamo-2 Kyiv, melawan FC Polissya Zhytomyr. Kurang dari dua bulan kemudian, pada tanggal 21 September, Yussuf melakukan debut di tim senior melawan Zirka Kirovohrad. Cedera lutut yang serius mengakhiri musim 2003-2004nya. Pada tanggal 16 September 2004, ia melakukan penampilan pertamanya di Liga Champions UEFA untuk FC Dynamo Kyiv dalam pertandingan melawan Roma.
Sejak paruh kedua musim 2011-2012, Yussuf kesulitan untuk mempertahankan tempat di tim utama dan dipinjamkan ke klub Süper Lig Turki, Orduspor, pada tanggal 31 Januari 2013. Setelah masa pinjaman di Turki, ia masih belum mendapatkan tempat di tim utama dan bermain untuk tim cadangan Dynamo Kyiv, Dynamo-2 Kyiv. Pada tanggal 18 Februari 2014, ia bergabung dengan rival liga Metalist Kharkiv dengan status pinjaman hingga akhir tahun.
Data statistik karier Ayila Yussuf per 2 Januari 2014 belum diketahui.