Pada tanggal 8 Januari 2011, Ekiza mendapatkan promosi ke skuad utama Athletic Bilbao setelah sejumlah cedera yang dialami oleh pemain bertahan. Ia melakukan debutnya di La Liga dalam pertandingan imbang 1-1 melawan Málaga CF, dan bermain penuh selama 90 menit. Pada musim tersebut, Ekiza berhasil mengamankan posisi utama di starting XI timnya, mengalahkan persaingan dari pemain veteran seperti Fernando Amorebieta, Aitor Ocio, dan Ustaritz. Selama musim tersebut, ia hanya mendapatkan satu kartu kuning.
Namun, Ekiza kehilangan posisi utamanya di musim 2013-2014 karena sering mengalami cedera. Ia hanya tampil sekali di liga selama musim tersebut, bermain selama 37 menit dalam kemenangan 2-1 melawan Real Valladolid. Pada tanggal 31 Juli 2014, Ekiza memutuskan kontraknya dengan Athletic Bilbao dan bergabung dengan SD Eibar dengan kontrak dua tahun.
Setelah itu, Ekiza melanjutkan karirnya di klub-klub lain. Pada tanggal 21 Juli 2017, ia bergabung dengan klub Cypriot First Division, AC Omonia, setelah bermain untuk FC Zirka Kropyvnytskyi di Ukraina. Dua tahun kemudian, setelah bermain di Enosis Neon Paralimni FC, Ekiza mengumumkan pensiun dari sepak bola pada usia 31 tahun. Setelah dua tahun tidak bermain, Ekiza bergabung dengan klub amatir lokal UDC Txantrea pada musim panas 2021, bersama dengan mantan rekan setimnya di Athletic Bilbao, Adrien Goñi.
Selama karirnya, Ekiza meraih beberapa penghargaan bersama Athletic Bilbao, termasuk menjadi runner-up Copa del Rey pada musim 2011-2012 dan runner-up UEFA Europa League pada musim yang sama.