Debutnya di timnas senior terjadi dalam pertandingan kualifikasi Piala Dunia melawan Arab Saudi pada tanggal 12 Oktober 2004. Indonesia kalah dalam pertandingan tersebut dengan skor 1-3. Charis Yulianto menjadi kapten timnas Indonesia pada tahun 2008-2010. Ia menggantikan Ponaryo Astaman sebagai pemegang ban kapten timnas Indonesia. Charis pensiun dari timnas Indonesia pada tahun 2010. Selama enam tahun bermain untuk timnas Indonesia, pemain asal Blitar ini tampil sebanyak 36 kali dan mencetak dua gol. Setelah pensiun, ia mendirikan Charis Yulianto Football Academy untuk mencetak pemain sepak bola profesional baru di Indonesia.
Charis juga memiliki pengalaman bermain dalam beberapa turnamen internasional, antara lain Piala Tiger 2004, Piala Asia AFC 2007, dan Piala AFF Suzuki 2008. Ia juga meraih penghargaan bersama klubnya, Sriwijaya, seperti Liga Indonesia Premier Division pada musim 2007-2008 dan Copa Indonesia/Piala Indonesia pada tahun 2008-2009 dan 2010.
Charis dilahirkan dari pasangan Supaman dan Sutini. Ia adalah anak bungsu dari sembilan bersaudara.