Pada Januari 2007, Puggioni bergabung dengan Reggina. Pada 2 Juli 2015, Puggioni bergabung dengan Sampdoria tanpa biaya transfer. Ia melakukan debutnya bersama Sampdoria pada 22 Oktober 2016, dalam kemenangan kandang 2-1 melawan rival sekota Genoa di Stadio Luigi Ferraris. Pada 28 November 2019, ia bergabung dengan klub Serie C, Vis Pesaro. Pada Oktober 2020, ia memberikan wawancara di mana ia mengkritik pelatih dan manajemen Vis Pesaro, setelah itu tim mengeluarkan pernyataan resmi tentang posisi mereka. Kontraknya seharusnya berakhir pada Juni 2021, namun ia tidak dibebaskan dari kontrak tersebut dan melanjutkan latihan secara individu, terpisah dari tim. Ia tidak pernah bermain dalam pertandingan kompetitif lainnya dan pensiun pada akhir musim.
Referensi: