Estrada merupakan produk dari sistem pemuda Real Sociedad, lahir di Zarautz, Gipuzkoa. Ia menghabiskan dua musim pertamanya bersama tim cadangan di Segunda División B. Pada musim 2006-2007, ia berhasil menjadi pencetak gol terbanyak kedua di Grup II dengan mencetak 13 gol.
Debut Estrada bersama tim utama terjadi pada 10 Februari 2007, saat ia bermain selama lima menit dalam kekalahan kandang 2-1 melawan Real Madrid. Tiga bulan kemudian, dalam penampilan La Liga ketiganya, ia juga dimainkan sebagai pengganti dalam kekalahan 2-0 melawan FC Barcelona, juga di kandang. Pada akhir musim pertamanya, ia bermain dalam delapan pertandingan dalam musim yang akhirnya berakhir dengan degradasi.
Dalam dua musim berikutnya di Segunda División, Estrada jarang digunakan oleh Real Sociedad, ketika klub tersebut gagal mendapatkan kembali statusnya di kasta tertinggi. Pada musim 2009-2010, saat klub kembali ke kompetisi La Liga setelah tiga tahun absen, ia berkontribusi dalam 18 pertandingan dan 1.538 menit.
Setelah diubah peran oleh pelatih Martín Lasarte pada tahun sebelumnya, Estrada digunakan secara eksklusif sebagai bek kanan pada musim 2010-2011. Ia mencetak gol pertamanya untuk tim utama pada 26 Februari 2011, namun juga mencetak gol bunuh diri dalam kekalahan 4-1 melawan RCD Espanyol. Pada akhir Mei 2014, Estrada memperpanjang kontraknya dengan Real Sociedad hingga 2015. Pada 6 Juli tahun berikutnya, ia menandatangani kontrak selama satu tahun dengan Deportivo Alavés setelah kontraknya berakhir.
Di antara penghargaan yang diraihnya, Estrada berhasil memenangkan Segunda División bersama Real Sociedad pada musim 2009-2010 dan bersama Alavés pada musim 2015-2016.