Di Messina, Portanova menjadi pemain penting dalam tim yang berhasil promosi ke Serie B pada musim 2000-2001. Ia tampil dalam 18 pertandingan pada musim 2001-2002, namun absen selama 15 pertandingan akibat cedera. Musim 2002-2003 menjadi musim terbaik dalam karir Portanova hingga saat ini, dengan ia tampil dalam 34 pertandingan dan mencetak empat gol untuk timnya.
Performa apiknya di musim sebelumnya membuat S.S.C. Napoli tertarik untuk merekrutnya. Portanova tampil dalam 31 pertandingan pada musim pertamanya bersama Napoli, dengan tim tersebut finis di peringkat 14 Serie B.
Performa bagus Portanova di divisi kedua Italia akhirnya membuatnya pindah ke Serie A bersama AC Siena. Ia tampil dalam 26 pertandingan dan mencetak empat gol pada musim 2004-2005, dengan tim tersebut finis di peringkat 14 dan aman dari degradasi. Pada musim berikutnya, Portanova tetap menjadi pemain inti di Siena dengan tampil dalam 32 pertandingan, meskipun tim tersebut hanya finis di peringkat 15. Pada Agustus 2009, Portanova pindah ke Bologna dari AC Siena setelah tampil dalam 162 pertandingan dan mencetak 10 gol selama lima tahun di Siena. Kepindahannya sangat disayangkan oleh para penggemar yang sangat menyukai pemain tersebut selama berada di klub.
Di Bologna, Portanova pindah dalam sebuah kesepakatan pertukaran pemain dengan Claudio Terzi. Pada musim debutnya bersama klub tersebut, ia tampil dalam 36 pertandingan dan mencetak gol pertamanya dalam kemenangan 2-0 melawan Livorno di pekan ke-5 Serie A musim 2009-2010. Musim berikutnya, ia tetap menjadi bagian penting dalam tim inti, dengan mencetak satu gol dalam 34 pertandingan, yang menjadi gol penentu kemenangan 1-0 melawan Catania. Musim berikutnya, performa dan kepemimpinan Portanova membantu timnya finis di peringkat 9 Serie A, meskipun mengalami kesulitan dalam beberapa musim terakhir. Ia mencetak empat gol dari posisi bek dalam 35 pertandingan, termasuk satu gol dalam hasil imbang 1-1 melawan Juventus.
Pada musim panas 2012, Portanova dilarang bermain sepak bola selama empat bulan setelah gagal melaporkan upaya pengaturan skor. Namun, Federasi Sepak Bola Italia sebenarnya tidak melarang Portanova karena terlibat dalam pengaturan skor atau mencoba mempengaruhi hasil pertandingan, melainkan karena gagal melaporkan percakapan penting yang ia dengar. Portanova kembali beraksi pada pekan ke-17 saat menghadapi mantan klubnya, Napoli. Dalam kembalinya yang luar biasa, Daniele mencetak gol kemenangan pada menit ke-89 saat timnya yang sedang berjuang berhasil meraih kemenangan tak terduga 3-2 atas Napoli yang berada di peringkat ketiga.
Pada 30 Januari 2013, Portanova kembali ke Genoa, tepat pada hari terakhir bursa transfer, dengan biaya yang tidak diungkapkan. Klub Genoa merekrutnya dengan harapan dapat membalikkan keadaan mereka yang berada di atas zona degradasi. Pada akhirnya, Portanova dan timnya berhasil menjaga jarak enam poin dari zona degradasi. Pada musim panas 2013, Daniele diangkat sebagai kapten tim barunya. Ia tampil dalam 22 pertandingan musim itu, namun mengalami kesulitan akibat cedera dan penurunan performa, dan dilepas oleh Genoa pada akhir musim 2013-2014.
Setelah berada tanpa klub untuk waktu yang lama, Portanova bergabung dengan Robur Siena. Meskipun klub tersebut baru saja bangkrut dan berada di Serie D serta menawarkan gaji yang sangat kecil, Daniele tetap menandatangani kontrak dengan klub tersebut.
Selain sebagai seorang pemain sepak bola, Portanova juga memiliki seorang putra bernama Manolo Portanova yang juga menjadi pemain sepak bola profesional.
Follow