Deco adalah salah satu dari sedikit pemain yang berhasil memenangkan Liga Champions UEFA dengan dua klub, yaitu Porto pada tahun 2004 dan Barcelona pada tahun 2006. Ia dinobatkan sebagai Pemain Terbaik Klub UEFA dan Gelandang Terbaik UEFA di musim ketika Porto memenangkan Liga Champions. Ia juga dinobatkan sebagai Man of the Match dalam Final Liga Champions UEFA 2004. Deco menjadi pemain pertama yang memenangkan Penghargaan Gelandang Terbaik UEFA dengan dua klub, Porto dan Barcelona. Ia juga meraih Penghargaan Bola Emas Piala Dunia Klub FIFA 2006 dan menjadi Man of the Match dalam final meskipun kalah dari Internacional.
Pada tahun 2002, Deco mendapatkan kewarganegaraan Portugal setelah tinggal di Portugal selama lima tahun. Ia kemudian memilih untuk bermain untuk Timnas Portugal. Deco telah tampil sebanyak 75 kali untuk Portugal, bermain dalam dua Kejuaraan Eropa UEFA dan dua Piala Dunia FIFA. Ia mencapai final Euro 2004 dan finis di tempat keempat pada Piala Dunia 2006.
Karier klub Deco dimulai di Corinthians, di mana ia bermain dalam Copa São Paulo de Futebol Júnior. Pada tahun 1997, Benfica membeli hak kepemilikannya dari CSA dan meminjamkannya ke tim Alverca. Setelah membantu Alverca promosi ke divisi teratas pada musim 1997-1998, Deco kembali ke Benfica. Namun, ia kemudian pindah ke Salgueiros sebagai bagian dari pertukaran dengan Nandinho. Pada Maret 1999, Deco dibeli oleh Porto, di mana ia berhasil memenangkan gelar liga. Kepindahannya dari Benfica dan kesuksesannya bersama Porto dianggap sebagai "kesalahan sejarah" oleh António Simões.
Di Porto, Deco mencetak gol hanya dalam waktu 30,08 detik dalam kemenangan 1-0 melawan Molde dalam Liga Champions UEFA 1999-2000. Di bawah arahan manajer José Mourinho pada musim 2002-2003, Deco mencetak 10 gol dalam 30 pertandingan dan mendapatkan 17 kartu kuning dan 1 kartu merah. Ia menjadi salah satu pemain kunci dalam kemenangan Porto 3-2 atas Celtic dalam final Piala UEFA tahun itu. Pada musim 2003-2004, Deco membantu Porto merebut gelar nasional dan membawa tim mencapai Final Liga Champions UEFA 2004, di mana Porto menang 3-0 atas Monaco dengan Deco mencetak gol kedua dalam pertandingan tersebut. Ia juga menjadi penyedia assist terbanyak dan pemain yang paling sering dijatuhkan dalam Liga Champions musim itu. Pada musim tersebut, Deco juga memenangkan Penghargaan Pemain Terbaik Klub UEFA dan penghargaan untuk gelandang terbaik dalam kompetisi tersebut.
Pada hari setelah final Euro 2004, Porto dan Barcelona mencapai kesepakatan transfer untuk Deco. Barcelona setuju membayar biaya transfer sebesar €15 juta ditambah hak sepenuhnya atas Ricardo Quaresma yang bernilai €6 juta. Deco bermain dalam pertandingan imbang melawan Levante pada 14 Mei 2005, yang memberikan Barcelona gelar La Liga ke-17 mereka. Ia juga dinobatkan sebagai pemain terbaik Barcelona pada musim 2005-2006. Deco mencetak dua gol dalam Supercopa de España 2006.