Di Spanyol, Aouate membela beberapa klub, termasuk Racing de Santander, Deportivo La Coruña, dan Mallorca. Selama bermain di La Liga, ia tampil sebanyak 303 kali. Pada musim 2002-2003, Aouate menjadi penjaga gawang utama Maccabi Haifa saat klub tersebut berhasil mencapai babak grup Liga Champions. Performa solidnya membuatnya mendapatkan transfer ke Racing de Santander pada tanggal 17 Juli 2003.
Pindah ke Spanyol menjadi lebih mudah bagi Aouate karena ia memiliki paspor Prancis, sehingga tidak dihitung sebagai pemain asing. Setelah berhasil masuk ke starting line-up Deportivo de La Coruña pada musim 2004-2005, ia menandatangani kontrak empat tahun dengan klub tersebut pada bulan Agustus 2006. Musim tersebut, Aouate tampil dalam 38 pertandingan dan mendapatkan penghargaan sebagai salah satu pemain terbaik La Liga versi majalah sepak bola Spanyol, Don Balón.
Namun, pada jendela transfer musim dingin tahun 2007-2008, Aouate kehilangan posisi utama kepada Gustavo Munúa. Keduanya terlibat dalam insiden perkelahian setelah latihan yang mengakibatkan keduanya dihukum absen dalam pertandingan melawan Villarreal CF dan beberapa pertandingan liga berikutnya. Namun, Aouate berhasil mendapatkan kembali posisi utama setelah Munúa mengalami cedera.
Pada akhir Desember, Aouate pindah ke RCD Mallorca dengan biaya transfer sekitar €1 juta. Ia menjadi pilihan utama setelah Miguel Ángel Moyá mengalami cedera. Aouate mencatatkan debutnya pada tanggal 8 Januari 2009 dalam kemenangan 3-1 melawan UD Almería di Copa del Rey. Pada bulan Juni 2009, Moyá pindah ke Valencia CF dan Aouate menjadi penjaga gawang utama Mallorca. Pada bulan Februari 2013, ia menyamai rekor penampilan terbanyak untuk seorang penjaga gawang Mallorca. Aouate mengumumkan pensiunnya pada tanggal 8 Agustus 2014, pada usia 36 tahun. Setelah pensiun, ia menjadi pemegang saham utama klub Mallorca setelah membeli Biel Cerdà dan Lor.