Karier klub Alfaro dimulai di Liverpool Montevideo saat usianya masih 18 tahun. Ia menjadi pemain reguler di tim utama sejak usia muda. Setelah berkembang sebagai pemain sepak bola, Alfaro menjadi pencetak gol yang konsisten untuk Liverpool. Puncak performa terbaiknya terjadi pada turnamen Apertura 2009-2010, di mana ia berhasil mencetak 13 gol dalam 15 pertandingan liga. Performa gemilangnya membuatnya dipinjamkan ke klub terkenal Argentina, San Lorenzo de Almagro. Namun, masa tinggalnya di Argentina tidak begitu sukses karena ia hanya berhasil mencetak dua gol untuk San Lorenzo. Alfaro kemudian kembali ke Liverpool Montevideo dan kembali menjadi pencetak gol reguler. Performa impresifnya menarik perhatian Óscar Tabárez, pelatih tim nasional Uruguay, di mana Alfaro kemudian melakukan debutnya.
Performa impresif Alfaro juga menarik minat klub-klub Eropa. Pada tanggal 12 Januari 2012, Alfaro pindah ke klub Serie A Italia, Lazio, dengan biaya transfer sebesar 3 juta euro. Ia memilih nomor punggung 30 yang sebelumnya tidak pernah dipakai di Lazio. Debutnya terjadi pada tanggal 19 Februari dalam kekalahan tandang 1-5 melawan Palermo. Pada akhir musim, Alfaro tampil dalam 8 pertandingan tanpa mencetak gol.
Pada tanggal 12 September 2012, Alfaro dipinjamkan ke Al Wasl di Uni Emirat Arab dengan opsi pembelian senilai 3,5 juta. Debutnya terjadi pada tanggal 18 September dalam Piala Presiden Uni Emirat Arab, di mana ia mencetak dua gol melawan Al-Ittihad Kalba SC. Pada tanggal 23 September 2012, ia melakukan debutnya di liga dengan mencetak hat-trick dalam kemenangan 4-1 melawan Al-Wahda. Setelah tampil dalam 33 pertandingan dan mencetak 24 gol, Alfaro kembali ke Lazio.
Setelah menghabiskan seluruh musim 2013-2014 di bangku cadangan, pada tanggal 28 Agustus 2014, Alfaro dipinjamkan kembali ke klub lamanya, Liverpool Montevideo, tim yang meluncurkannya ke sepak bola profesional. Pada tanggal 13 September, ia bermain dalam pertandingan pertama musim melawan Torque di mana ia juga mencetak gol, dan pertandingan berakhir dengan skor 3-0 untuk Liverpool. Dalam pertandingan berikutnya melawan Central Español pada tanggal 27 September, ia mencetak dua gol yang memastikan kemenangan timnya dengan skor 3-1. Pada tanggal 2 Mei 2015, dengan kemenangan 2-1 melawan Cerro Largo, Liverpool berhasil promosi ke Uruguayan Primera División. Pada tanggal 23 Mei, dengan berakhirnya musim, ia menjadi pencetak gol terbanyak dalam liga dengan total 21 gol dalam 27 pertandingan yang dimainkan.
Pada akhir masa peminjaman, Alfaro kembali ke Lazio, namun pada akhir bursa transfer musim panas, ia dijual ke juara Thailand, Buriram United. Namun, karena cedera yang dialaminya saat pramusim, ia tidak pernah bermain untuk Buriram United dan akhirnya kontraknya dibatalkan secara bersama-sama.
Pada tanggal 1 September 2016, Alfaro bergabung dengan klub Indian Super League, NorthEast United FC. Pada tanggal 5 Oktober, ia mencetak kedua gol dalam pertandingan melawan FC Goa, di mana NorthEast United keluar sebagai pemenang dengan skor 2-0. Ia mencetak gol pertama pada menit ke-20, memanfaatkan kesalahan penjaga gawang Goa, Laxmikant Kattimani, dalam membersihkan umpan belakang oleh Lúcio. Ia mencetak gol kedua pada menit ke-63 dari assist Holicharan Narzary. Meskipun ia mencetak lima gol dalam tujuh pertandingan pertamanya, performanya menurun setelah itu dan ia gagal mencetak gol lagi dalam enam pertandingan tersisa. Setelah bermain untuk klub kasta kedua Uni Emirat Arab, Al-Fujairah, di mana ia mencetak delapan gol dalam 12 pertandingan, Alfaro kembali ke Indian Super League pada tanggal 10 Juli 2017 dan bergabung dengan FC Pune City; menjadi pemain asing pertama klub dalam musim tersebut. Pada tanggal 23 November, ia melakukan debutnya dalam kekalahan 2-3 melawan Delhi Dy.
Follow