Karier klub Koné dimulai ketika ia meninggalkan klub asal Pantai Gading, ASEC Mimosas, pada jendela transfer bulan Januari musim 2007-2008 dan bergabung dengan klub Liga I Romania, CFR Cluj. Pada bulan November 2011, Koné dilepas oleh CFR dan setelah tiga minggu menjalani tes dengan Sedan, ia menandatangani kontrak selama dua setengah tahun dengan klub Prancis tersebut. Pada tanggal 10 Agustus 2013, Levadiakos mengumumkan kedatangan Koné dengan kontrak selama dua tahun dengan biaya yang tidak diungkapkan. Pada tanggal 19 Februari 2015, gelandang serang asal Pantai Gading ini mengakui bahwa klubnya, Levadiakos, tidak mengizinkannya berpartisipasi dalam latihan selama ia belum menyetujui perpanjangan kontrak yang berakhir pada akhir musim. Menurut laporan, Koné tinggal di sebuah hotel, tetapi klubnya tidak menanggung biaya tersebut, sementara keluarganya terpaksa kembali ke Prancis. Di sisi lain, klub membantah klaim Koné, dengan menegaskan bahwa Koné meninggalkan Levadiakos tanpa pemberitahuan dan ia sendiri yang mengungkapkan keinginannya untuk meninggalkan klub karena sedang mempertimbangkan tawaran dari tim Qatar. Levadiakos juga mengklaim bahwa Koné kemudian kembali setelah kesepakatan potensialnya gagal. Pada tanggal 1 Juli 2015, Koné membuat kesepakatan lisan dengan Veria, tetapi pada akhirnya ia menandatangani kontrak dengan Apollon Smyrnis dengan biaya yang tidak diungkapkan. Pada tanggal 25 Januari 2019, Levadiakos secara resmi mengumumkan kembalinya gelandang asal Pantai Gading ini dengan status transfer bebas.

Koné juga telah bermain untuk Timnas Pantai Gading di Olimpiade Musim Panas 2008 di Beijing. Ia juga menjadi bagian dari skuad Pantai Gading untuk Piala Dunia FIFA 2010.

Dalam statistik karier internasionalnya, data terakhir yang diketahui adalah pada tanggal 19 Juli 2019.

Koné telah meraih sejumlah penghargaan, di antaranya adalah gelar Divisi Utama Pantai Gading pada tahun 2004, 2005, dan 2006 bersama ASEC Mimosas, serta Piala Pantai Gading pada tahun 2005 dan 2007. Bersama CFR Cluj, ia meraih gelar Liga Pertama Romania pada musim 2011-2012 dan Piala Romania pada musim 2008-2009. Bersama Apollon Smyrnis, Koné meraih gelar Liga Sepak Bola Yunani pada musim 2016-2017. Sedangkan bersama Levadiakos, ia berhasil meraih gelar Liga Super Yunani 2 pada musim 2021-2022.

Referensi mengenai Emmanuel Koné belum tersedia.