Sebagai seorang manajer, Magath juga meraih berbagai penghargaan. Ia berhasil memenangkan gelar ganda (Bundesliga dan Piala Jerman) secara berturut-turut bersama Bayern Munich, serta gelar Bundesliga lainnya bersama VfL Wolfsburg pada tahun 2009. Magath dikenal sebagai seorang manajer yang menuntut disiplin yang kuat dan pelatihan yang intensif.
Pada tahun 2014, Magath menjadi pelatih klub Inggris, Fulham, dan menjadi orang Jerman pertama yang melatih di Premier League. Sebagai seorang pemain, Magath adalah seorang playmaker yang kreatif dan cerdas, dengan kemampuan teknis yang sangat baik. Ia biasanya bermain sebagai gelandang serang atau gelandang tengah, dan dikenal sebagai salah satu gelandang terbaik dalam sejarah Bundesliga.
Setelah mengalami cedera lutut yang mengakhiri karirnya sebagai pemain, Magath pensiun dan menjadi manajer umum untuk klub Hamburger SV. Ia kemudian memulai karir kepelatihannya pada tahun 1992 sebagai pemain-pelatih untuk klub FC Bremerhaven. Magath kemudian kembali ke Hamburger SV sebagai pelatih tim cadangan pada tahun 1993, dan menjadi asisten manajer Benno Möhlmann. Setelah Möhlmann dipecat pada Oktober 1995, Magath menjadi manajer dan berhasil membawa Hamburg mencapai UEFA Cup pada musim pertamanya. Namun, pada musim berikutnya, Hamburg hanya finis di posisi ke-15 dan Magath dipecat. Ia kemudian mendapatkan reputasi sebagai "pemadam kebakaran" karena sering datang ke klub yang sedang kesulitan dan berhasil menyelamatkannya.
Pada September 1997, Magath menjadi pelatih 1. FC Nürnberg yang baru saja promosi ke 2. Bundesliga. Ia kemudian melatih beberapa klub lain seperti Werder Bremen, Eintracht Frankfurt, dan VfB Stuttgart sebelum akhirnya meraih kesuksesan dengan Bayern Munich dan VfL Wolfsburg. Magath adalah seorang manajer yang sangat dihormati dan diakui dalam dunia sepak bola.