Gago memulai karirnya di Boca Juniors dan melakukan debut profesionalnya pada pertandingan melawan Quilmes pada 5 Desember 2004. Pada 1 Oktober 2006, dia mencetak gol profesional pertamanya untuk Boca dalam kemenangan 3-2 melawan Vélez Sarsfield.
Pada Desember 2006, Gago bergabung dengan Real Madrid dengan kontrak selama 6,5 tahun dengan biaya transfer €20 juta. Dia melakukan debutnya pada 7 Januari 2007 dalam kekalahan 2-0 melawan Deportivo de La Coruña di La Liga. Selama bermain untuk Real Madrid, Gago mengalami beberapa cedera serius yang membatasi waktu bermainnya. Namun, dia tetap berkontribusi dalam beberapa pertandingan penting, seperti memberikan assist pada gol kemenangan 3-2 melawan Recreativo de Huelva.
Gago juga pernah dipinjamkan ke klub Serie A Italia, Roma, pada Agustus 2011. Selama bermain untuk Roma, dia mencetak satu gol dalam kemenangan 2-1 melawan Lecce. Namun, masa tinggalnya di Roma tidak seberhasil masa karirnya di Real Madrid.
Setelah pensiun sebagai pemain, Gago memulai karir kepelatihannya. Dia melatih Aldosivi dan Racing Club di Argentina sebelum akhirnya ditunjuk sebagai pelatih kepala klub Meksiko, Guadalajara, pada Desember 2023. Sebagai pelatih, Gago telah meraih dua gelar super cup dengan Racing Club sebelumnya.
Fernando Rubén Gago adalah sosok yang memiliki pengalaman bermain di klub-klub besar dan telah mewakili Argentina di level internasional. Meskipun terhambat oleh cedera serius, Gago tetap menjadi salah satu pemain yang diakui dalam posisinya sebagai gelandang bertahan dan playmaker. Saat ini, dia sedang menjalani karir kepelatihannya dengan harapan membawa Guadalajara meraih kesuksesan di Liga MX.