Pada tahun 2006, ia pindah ke Calcio Catania, yang baru saja promosi ke Serie A untuk musim 2006–07. Ia hanya bermain dalam 9 pertandingan liga pada musim pertama. Setelah hanya bermain sekali di awal musim kedua, ia dipinjamkan ke klub Serie B saat itu, Spezia. Setelah gagal menjual pemain pada musim 2008–09, pada pertengahan jendela transfer musim panas 2009, Catania mengumumkan pemutusan kontrak dengan kesepakatan bersama untuk kedua Millesi dan Babu.
Pada 31 Agustus 2009, ia menandatangani kontrak 1+1 dengan Salernitana di Serie B. Pada 1 Februari 2010, ia pindah ke Foggia. Pada 15 November, ia kembali ke Avellino, di mana ia segera menjadi kapten klub dan menjadi salah satu tokoh utama dalam promosi klub dari Lega Pro Seconda Divisione ke Serie B, juga membantu tim tersebut hampir mencapai babak play-off promosi Serie B musim 2013–14; ia meninggalkan Avellino pada akhir musim. Pada 9 September 2014, ia bergabung dengan Arezzo. Pada 21 Januari 2015, ia pindah ke Ischia Isolaverde. Pada akhir musim, ia sekali lagi menjadi agen bebas, dan ia bergabung dengan Acireale pada 30 Oktober 2015, menjelang musim Eccellenza Sicilia 2015–16. Untuk musim 2016–17, ia bergabung dengan klub Eccellenza Sicilia Group B, A.S.D. Calcio Biancavilla, atas permintaan presiden klub Giuseppe Furnari.
Pada 23 Mei 2016, Millesi, bersama dengan gelandang Luca Pini dan bek Armando Izzo, menjadi tersangka dalam penyelidikan oleh departemen kepolisian anti-mafia di Naples (DDA) setelah dituduh terlibat langsung dengan kelompok mafia camorra yang berbasis di Secondigliano dalam mengubah hasil pertandingan Serie B antara Modena–Avellino (1–0) pada 17 Maret 2014, dan Avellino–Reggina (3–0) pada 25 Mei 2014. Pada 3 Maret 2017, jaksa federasi sepak bola Italia meminta agar ketiga pemain ini dilarang bermain sepak bola selama enam tahun, juga meminta agar collateral estoppel diterapkan, dan menuntut agar mereka masing-masing dikenai denda €20.000. Pada 12 April, baik Millesi maupun Pini menerima larangan bermain selama lima tahun dan denda €50.000.