Peña memulai karirnya dengan Jerez CF, klub lokal di Jerez de los Caballeros, Extremadura, di mana ia tampil di Segunda División B. Pada jendela transfer Januari 1999, ia bergabung dengan klub sejawat Levante UD, memberikan kontribusi dengan 15 penampilan dalam promosi klub tersebut.
Setelah tiga musim bersama Levante, Peña bergabung dengan Albacete Balompié juga di divisi dua. Ia tampil dalam 24 pertandingan pada musim 2002–03, dan klubnya akhirnya kembali ke La Liga setelah absen selama tujuh tahun.
Peña melakukan debutnya di La Liga pada tanggal 30 Agustus 2003, bermain penuh 90 menit dalam kekalahan kandang 0–2 melawan CA Osasuna. Ia kemudian mendapatkan kartu merah dalam pertandingan berikutnya di Estadio Carlos Belmonte (kekalahan 1–2 dari FC Barcelona) dan, pada akhir musim berikutnya, dengan dirinya sebagai starter yang tak terbantahkan, timnya terdegradasi.
Pada musim panas 2006, Peña pindah ke Real Murcia dari divisi kedua. Selama tiga tahun bermain di sana, ia hanya absen dalam 14 pertandingan dan juga berkompetisi di divisi teratas pada musim 2007–08. Saat berusia 31 tahun, Peña bergabung dengan Hércules CF pada musim panas 2009. Ia terus terikat dengan klub berbasis di Alicante ini selama lebih dari satu dekade, mewakilinya di ketiga tingkat sepak bola Spanyol utama dan bertindak sebagai kapten tim. Ia mencetak gol kompetitif pertamanya untuk klub tersebut – dan gol keduanya sebagai profesional – pada tanggal 24 Maret 2013, dalam kemenangan tandang 2–0 melawan CD Guadalajara.
Follow