Karier Ganjar dimulai saat ia bermain untuk PS Bengkulu pada musim 2013. Setelah itu, ia bergabung dengan Persita Tangerang dan melakukan debutnya dalam turnamen Inter Island Cup 2014. Pada tahun 2015, Ganjar pindah ke Bali United Pusam F.C. sebagai bek. Namun, pada tahun 2016, ia memutuskan untuk pindah ke PS TNI dengan alasan ingin mengejar cita-citanya sebagai anggota TNI.
Setelah beberapa perpindahan klub, Ganjar akhirnya bergabung dengan PSIS Semarang setelah melewati masa trial. Debutnya bersama PSIS Semarang dilakukan dalam pertandingan melawan Persekap Pasuruan yang berakhir dengan kemenangan 3-1 untuk PSIS Semarang. Dalam pertandingan tersebut, Ganjar memberikan kontribusi dengan memberikan assist yang menghasilkan gol oleh Johan Yoga Utama. Sayangnya, meski Ganjar bermain dengan baik, PSIS Semarang tidak berhasil lolos ke babak 8 besar.
Referensi mengenai Ganjar Mukti tidak disebutkan dalam data yang diberikan.