Seitaridis memulai karir klubnya bersama PAS Giannina, klub asal Yunani Utara, pada tahun 1997. Ia kemudian pindah ke Panathinaikos pada tahun 2001 dan berhasil membantu klub tersebut meraih gelar juara Liga Super Yunani 2003-2004 serta Piala Yunani. Pada bulan Juni 2004, Seitaridis bergabung dengan Porto dengan biaya transfer sebesar €3 juta. Bersama Porto, ia berhasil memenangkan Piala Super Portugal dan Piala Interkontinental pada tahun yang sama.
Pada tahun 2005, Seitaridis pindah ke Dynamo Moscow dengan biaya transfer sebesar €10 juta. Namun, ia mengalami kesulitan beradaptasi dengan cuaca dingin di Moskow dan hanya bermain dalam 8 pertandingan liga sebelum memutuskan untuk hengkang. Pada tahun 2006, ia bergabung dengan Atlético Madrid dengan biaya transfer sebesar €12 juta. Bersama Atlético, Seitaridis mengalami beberapa kali kartu merah dan cedera serius yang membutuhkan operasi.
Meskipun memiliki karir yang cemerlang di klub dan tim nasional, Seitaridis juga memiliki latar belakang keluarga sepak bola. Kakek dan ayahnya, Dimitris Seitaridis, juga merupakan mantan pemain sepak bola dan kemudian menjadi manajer.