Pada tanggal 24 Juni 2009, AEK Athens mengontrak Makos seharga €800.000 dari Panionios dengan durasi kontrak lima tahun. Setelah bergabung, Makos menyatakan bahwa salah satu alasan utama dia memilih bergabung dengan AEK adalah karena Dusan Bajevic. Pada tanggal 20 Agustus, Makos melakukan debut resmi untuk AEK dalam pertandingan melawan Vaslui di Liga Europa. Debutnya di liga dilakukan pada kemenangan tandang 0-1 melawan Atromitos pada tanggal 30 Agustus. Performa yang kurang meyakinkan pada pra musim dan awal musim membuat Makos terdepak dari starting 11 dan harus duduk di bangku cadangan. Di musim pertamanya bersama AEK, Makos tampil sebanyak 28 kali, 21 di liga, satu di piala, dan enam di kompetisi Eropa.
Musim 2010-2011 dimulai dengan baik bagi Makos. Dia tampil impresif dalam kemenangan tandang melawan Dundee United dalam play-off Liga Europa, serta tampil baik dalam pertandingan persahabatan pra musim. Makos terus menunjukkan performa terbaiknya sepanjang musim, mengokohkan posisinya di tim utama AEK, dan mendapatkan aplaus dari para penggemar AEK atas penampilannya yang penuh semangat. Di musim tersebut, yang penuh dengan penampilan yang mengecewakan bagi tim, Makos adalah salah satu dari sedikit pemain yang lolos dari kritik dari para penggemar AEK. Secara keseluruhan, penampilannya jauh lebih baik dibandingkan musim pertamanya di AEK yang dianggap biasa-biasa saja. Musim tersebut berakhir dengan sukses bagi Makos karena ia memenangkan gelar pertamanya, Piala Yunani 2010-2011. Musim ketiganya di AEK dimulai dengan performa yang luar biasa, di mana ia mencetak gol pertamanya untuk AEK Athens dalam kemenangan 1-0 melawan Ergotelis pada tanggal 18 September 2011. Berkat penampilan impresifnya, Makos menjadi pemain reguler di tim nasional Yunani dan bermain melawan Israel, Rumania, Kroasia, dan Latvia, memperkuat peluangnya untuk dipanggil ke skuad akhir UEFA Euro 2012 setelah absen di Piala Dunia FIFA 2010. Pada tanggal 8 Mei 2012, Makos mencetak gol keduanya untuk AEK melawan Panathinaikos dalam pertandingan play-off Superliga Yunani yang berakhir dengan kemenangan 2-0. Pada akhir musim ketiganya di AEK, Makos tampil sebanyak 34 kali, 28 di liga, satu di piala, dan lima di kompetisi Eropa.
Pada tanggal 9 Juli 2012, Makos menandatangani kontrak selama dua tahun dengan klub Jerman, TSV 1860 München, dengan biaya transfer yang diperkirakan sekitar €465.000. Klub Jerman tersebut mengumumkan penandatanganan tersebut melalui situs web mereka, sambil memberikan penjelasan tentang keuangan transfer tersebut. AEK Athens akan menerima €465.000 sebagai biaya transfer tersebut. Namun, Makos akan menerima €165.000 dari jumlah tersebut sebagai pembayaran gaji yang tertunggak sejak awal musim lalu. Makos, yang berusia 25 tahun, diperkenalkan kepada media pada hari Selasa sebagai pemain baru TSV 1860 München setelah spekulasi kepindahannya ke Munich sejak bulan lalu. Klub Jerman tersebut sebenarnya sudah tertarik dengan jasa Makos ketika dia masih bermain untuk Panionios. TSV 1860 München, klub yang juga mengalami kesulitan keuangan, sangat senang bisa mendatangkan Makos.