Pada Januari 2011, Maniatis bergabung dengan Olympiacos setelah memenangkan perburuan tanda tangannya, mengalahkan minat kuat yang ditunjukkan AEK Athens terhadapnya. Awalnya, ia direkrut sebagai bek kanan, yang akan menjadi cadangan dari pemain utama di posisi tersebut, yaitu kapten tim Vasilis Torosidis. Namun, Maniatis kemudian berkembang menjadi pemain yang sangat berharga di posisi baru. Keberagaman permainannya memungkinkannya untuk tampil di banyak pertandingan sebagai gelandang bertahan, posisi yang kemudian menjadi posisi utamanya di Olympiacos. Sebelum pertandingan UEFA Champions League melawan Marseille, Olympiacos dilanda cedera dan pelatih Ernesto Valverde memutuskan untuk memainkan Maniatis sebagai gelandang bertahan dalam pertandingan tandang yang sulit dan penting tersebut. Maniatis tampil gemilang dan sejak itu ia menjadi pemain pilihan utama di lini tengah Olympiacos. Ia terbukti lebih efektif bermain di lini tengah daripada di posisi bek kanan, yang sebelumnya dianggap sebagai posisi terbaiknya. Di Olympiacos, Maniatis menunjukkan kemampuan bertahan yang luar biasa, daya tahan yang kuat, serta kemampuan umpan yang baik dengan visi yang mengesankan. Awalnya bermain sebagai gelandang bertahan, Maniatis kini bermain sebagai gelandang serba bisa yang bermain bersama gelandang bertahan yang lebih berpengalaman. Ia memulai karir sepakbolanya di A.A. Arachova Parnassos di divisi terendah liga sepak bola profesional Yunani. Maniatis berhasil mengatasi banyak rintangan selama karir profesionalnya dan pernah mengatakan: "Dulu saya bermain di depan 10 orang penonton di desa Arahova, dan beberapa tahun kemudian saya bermain di depan 40.000 penonton di stadion Karaiskakis." Ia mencetak gol pertamanya bersama Olympiacos dalam kemenangan kandang 4-0 melawan Levadiakos. Pada 4 Desember 2012, ia berhasil mencetak gol pertamanya di Liga Champions dalam kemenangan kandang 2-1 melawan Arsenal.
Pada semifinal Piala Yunani 2014 antara PAOK dan Olympiacos, suporter PAOK melontarkan ikan teri ke bangku cadangan Olympiacos, pertandingan tersebut berakhir dengan tiga kartu merah dan adu fisik antara kapten Olympiacos, Giannis Maniatis, dan rekannya di timnas Yunani, Kostas Katsouranis. Katsouranis mencoba mencegah Maniatis melakukan lemparan dalam selama pertandingan. Maniatis, yang pada umumnya memiliki sifat yang agak mudah emosi, menjadi sedikit tidak stabil. Sebulan setelahnya, dalam wawancara untuk skuad provisional 30 pemain Piala Dunia 2014, Kostas Katsouranis mengakui kesalahannya dan mengatakan bahwa insiden tersebut sudah berlalu. "Kita terlalu banyak membicarakannya. Saya pikir itu adalah kesalahan dari banyak sudut pandang. Dan sebagai salah satu kapten, atau setidaknya salah satu dari dua pemain senior di tim sejak tahun 2004, saya pikir"