Di Brisbane Roar, Franjic awalnya ditandatangani sebagai pengganti cedera Andrew Packer pada Agustus 2009. Setelah ditandatangani dengan status pinjaman, ia kemudian mendapatkan kontrak jangka panjang. Pada musim pertamanya di A-League, Franjic tampil sebanyak 20 kali untuk klub. Gol pertamanya untuk Brisbane Roar dicetak dalam pertandingan persahabatan pra-musim melawan Newcastle Jets pada 2 Juli 2010. Gol penaltinya di menit ke-85 menjadi gol kemenangan, dengan skor akhir 1-0 untuk Roar. Gol pertamanya di A-League untuk Brisbane datang pada pertandingan pekan ke-10 melawan Central Coast Mariners di Suncorp Stadium dengan sebuah sepakan voli keras dari luar kotak penalti. Golnya terkenal dengan selebrasi "kayak manusia" dari timnya. Brisbane memenangkan pertandingan dengan skor 2-0. Franjic juga mencetak gol penyama kedudukan melawan North Queensland Fury di menit ke-85 pada pekan ke-17. Pertandingan berakhir imbang 1-1 dan menjaga rekor tak terkalahkan Roar hingga 12 pertandingan. Franjic tampil sebagai bek kanan untuk Brisbane Roar dalam final A-League 2011. Roar kalah 0-2 di waktu tambahan melawan Central Coast Mariners sebelum akhirnya mencetak dua gol dalam waktu kurang dari empat menit untuk memaksa adu penalti. Franjic mencetak gol penalti pertama untuk Roar yang akhirnya memenangkan adu penalti dengan skor 4-2 setelah dua penyelamatan dari Michael Theoklitos. Franjic juga terpilih sebagai salah satu dari enam pemain Brisbane Roar yang masuk dalam Tim All-Star musim 2010-2011.
Setelah meninggalkan Brisbane Roar, Franjic pindah ke Torpedo Moscow di Liga Premier Rusia pada Agustus 2014. Namun, ia mengalami masalah gaji yang tidak dibayarkan dan akhirnya meninggalkan klub tersebut pada April 2015. Setelah itu, Franjic kembali ke A-League dan bergabung dengan Melbourne City. Setelah dua musim yang terganggu cedera di Melbourne City, Franjic dilepas dari kontrak ketiganya untuk bergabung dengan klub Korea Selatan, Daegu FC. Franjic mengumumkan kepergiannya dari klub tersebut pada Oktober 2017.