Meskipun memiliki tinggi dan ukuran yang besar, Ayoví mulai bermain sebagai penyerang sayap bukan sebagai penyerang tengah karena ia sangat terampil dengan bola dan sangat cepat, ia lebih suka berlari ke sisi lapangan yang memiliki lebih banyak ruang untuk bergerak. Pada tahun 2009, ia dipinjamkan ke klub divisi satu Manta untuk mendapatkan lebih banyak menit bermain dan pengalaman. Ayoví tampil baik dengan bermain di 32 pertandingan liga Ekuador dan mencetak 7 gol.
Pada tahun 2010, Ayoví menjadi pilihan utama pelatih Jorge Sampaoli untuk menyerang, menggantikan penyerang Argentina Hernan Peirone. Ayoví tidak mengecewakan dan segera mulai mencetak gol penting untuk timnya. Ia menjadi kunci bagi Emelec dalam memenangkan tahap pertama turnamen Ekuador 2010 dan mencapai final yang akan dimainkan pada Desember 2010.
Setelah musim Ekuador 2010 berakhir, Ayoví setuju untuk bergabung dengan klub Meksiko, Toluca, dengan kontrak selama tiga tahun. Ia mencetak gol pertamanya dalam penampilan keduanya melawan Chiapas. Pada 13 Februari, ia mencetak gol keduanya dalam kemenangan telak 5-0 saat tandang melawan Querétaro. Ayoví mencetak gol dalam kekalahan kandang 3-2 melawan Necaxa. Pada 13 Februari, Ayoví mencetak gol header yang mengesankan melawan Santos Laguna dalam waktu kurang dari satu menit. Toluca menang 3-1 di kandang sendiri. Gol terakhirnya dengan Toluca datang pada 3 April dengan usaha individu yang mengesankan, untuk menahan imbang pertandingan melawan Monterrey 1-1.
Setelah setengah musim, Ayoví berhasil mengesankan manajer Pachuca, yang mencoba untuk merekrutnya untuk tim Pachuca. Gol pertamanya untuk Pachuca terjadi pada 31 Juni dalam hasil imbang 2-2 melawan Puebla FC. Ia hanya mencetak 3 gol lagi untuk sisa musim Apertura melawan Cruz Azul, Estudiantes Tecos, dan Atlante FC. Musim Clausura 2012 juga sama, ia hanya mencetak 4 gol melawan Puebla, Cruz Azul, Querétaro, dan Chivas de Guadalajara. Karena performanya bersama Pachuca, ia dipinjamkan ke klub Saudi Arabian Premier League, Al Nassr.
Pada musim 2012-2013, Ayoví dipinjamkan ke Al Nassr FC dengan biaya yang tidak diungkapkan hingga akhir musim Saudi Premier League. Pada 29 September, Ayoví mencetak gol pertamanya bersama Al Nassr, dalam kemenangan 3-1 melawan Al Wahda. Ia kemudian mencetak 7 gol lagi untuk Al Nassr, termasuk 2 gol ganda melawan Al Faisaly dan Al Taawon, dengan skor 2-1 dan 3-2. Musim Saudi Premier League-nya berakhir ketika ia mengalami cedera dan absen selama 8 bulan. Ia menyelesaikan musimnya bersama Al Nassr dengan 8 gol dalam 15 pertandingan.
Klub sepak bola Meksiko, Club Tijuana, merekrut Jaime Ayoví, dengan kesepakatan bahwa ia akan dipinjamkan ke LDU Quito, klub raksasa Ekuador, selama satu musim penuh untuk pulih sepenuhnya dari cedera.
Selama masa pinjamannya di LDU Quito pada tahun 2013, Ayoví menggunakan nomor punggung 11. Pada 17 Agustus, Ayoví mencetak gol pertamanya dalam hasil imbang 2-2 melawan Independiente del Valle. Pada 22 September, ia mencetak gol ketiganya dalam hasil imbang 1-1 melawan Macara. Pada 3 Oktober, ia mencetak gol lagi dalam hasil imbang 1-1 melawan Deportivo Quito. Pada 27 Oktober, Ayoví mencetak gol kelima bersama LDU Quito dalam kemenangan 2-1 melawan LDU Loja. Pada November, Ayoví mencetak gol ke-6 dan ke-7 dalam pertandingan melawan Manta dan Independiente del Valle.
Follow