Flores menghabiskan seluruh karier juniornya di Córdoba CF sebelum akhirnya debut bersama tim senior pada musim 2004-2005. Ia dipromosikan ke skuad utama pada tahun berikutnya dan berhasil meraih promosi ke Segunda División pada tahun 2007. Namun, musim 2007-2008 menjadi musim yang sulit bagi Flores karena cedera yang membuatnya absen sebagian besar waktu. Ia baru bermain pertandingan profesional pertamanya pada tanggal 16 Maret 2008, saat ia menjadi pemain pengganti di pertandingan tandang melawan UD Salamanca yang berakhir dengan skor imbang 1-1. Setelah itu, Flores sering digunakan dalam skuad utama dan pada bulan Juli 2011, ia dilepas oleh klub.
Pada tanggal 1 September 2011, Flores bergabung dengan tim Segunda División B, Getafe CF B. Setelah mencetak sepuluh gol terbanyak dalam satu musim, ia kemudian pindah ke Elche CF di divisi kedua. Pada tanggal 5 Agustus 2012, dalam sebuah pertandingan persahabatan melawan AD Alcorcón, Flores mengalami cedera lutut yang membuatnya absen hingga bulan April tahun berikutnya. Ia melakukan debutnya di La Liga pada hari terakhir musim 2013-2014, bermain selama 73 menit dalam kekalahan tandang 3-1 melawan Sevilla FC. Pada tanggal 4 Juni 2014, Flores mengakhiri kontraknya dengan Elche dan pindah ke klub kasta ketiga, Real Murcia, pada tanggal 2 September. Setelah dua tahun membela Hércules CF di liga yang sama, Flores kembali ke Elche pada tahun 2017. Pada musim panas 2019, Flores kembali ke Estadio Nuevo Arcángel setelah tim tersebut terdegradasi ke divisi tiga.