Guerrero lahir di Madrid dan mengawali karier sepak bolanya di Real Madrid, namun tidak berhasil menjadi pemain muda yang sukses di klub tersebut. Ia juga pernah dipinjamkan ke Real Jaén dan Terrassa FC sebelum akhirnya dilepas pada musim panas tahun 1999. Setelah itu, Guerrero bergabung dengan Albacete Balompié dan mencetak 20 gol dalam dua musim di liga tersebut.
Pada musim 2001-2002, Guerrero pindah ke Atlético Madrid bersama rekan setimnya, Jesús Muñoz. Namun, ia tidak mendapatkan kesempatan bermain dan akhirnya pindah ke Racing de Santander pada akhir Agustus tanpa pernah tampil dalam pertandingan resmi. Di Racing de Santander, Guerrero selalu menjadi pilihan utama dan mencetak rata-rata 11 gol per musim.
Pada musim 2005-2006, Guerrero bergabung dengan RC Celta de Vigo, namun ia jarang mendapatkan kesempatan bermain meski tim Galicia tersebut berhasil lolos ke UEFA Cup. Kemudian, ia pindah ke Recreativo de Huelva pada September 2006, awalnya sebagai pemain pinjaman, dan kemudian menandatangani kontrak permanen pada musim 2007-2008. Pada 18 Mei 2008, gol last-minute-nya dalam pertandingan kandang melawan Real Valladolid membantu tim Andalusia tersebut mempertahankan statusnya di La Liga.
Setelah musim yang lemah pada tahun 2008-2009 (hanya mencetak dua gol dan tim terdegradasi), Guerrero kembali ke divisi dua dan bergabung dengan UD Las Palmas dengan kontrak selama dua tahun. Ia menjadi pencetak gol terbanyak tim Kepulauan Canary pada dua musim pertamanya, masing-masing mencetak 11 dan 12 gol. Meskipun masih memiliki satu tahun lagi dalam kontraknya, Guerrero memutuskan pensiun pada akhir musim 2012-2013 ketika Las Palmas masih berada di divisi dua, pada usia hampir 37 tahun.
Setelah pensiun, Guerrero tetap terhubung dengan klub terakhirnya sebagai pencari bakat. Pada Oktober 2017, ia menerima tawaran dari Sevilla FC untuk menjadi penghubung antara dewan direksi dan tim utama klub tersebut.
Follow