Sebagai pemain, Gracia memulai karir profesionalnya dengan Bilbao Athletic, tim cadangan Athletic Bilbao, namun tidak pernah tampil secara resmi untuk tim utama. Pada musim 1992-1993, ia mencetak 12 gol dalam 38 pertandingan bersama Lleida dan membantu tim tersebut kembali ke La Liga setelah lebih dari 40 tahun absen. Gracia kemudian bermain di La Liga selama enam musim berikutnya, tampil secara reguler untuk Real Valladolid dan Real Sociedad hingga musim 1998-1999. Pada tahun 1999, ia kembali ke Segunda División dan bergabung dengan Villarreal, membantu klub Valencia tersebut promosi ke divisi teratas setelah satu tahun dan tampil secara reguler pada musim berikutnya. Gracia mengakhiri karirnya sebagai pemain pada bulan Juni 2004 setelah bergabung dengan Córdoba.
Setelah pensiun sebagai pemain, Gracia memulai karir kepelatihannya dengan melatih tim junior Villarreal sebelum kemudian melatih Pontevedra di Segunda División B. Meskipun berhasil finis sebagai juara atau runner-up di musim reguler, Gracia selalu gagal mencapai promosi melalui play-off. Pada musim 2008-2009, Gracia akhirnya berhasil meraih promosi bersama Cádiz, namun ia dipecat di tengah musim berikutnya karena tim tersebut langsung terdegradasi. Pada musim 2010-2011, Gracia berhasil menghindarkan Villarreal B dari degradasi di divisi kedua.
Pada bulan Juni 2011, Gracia ditunjuk sebagai pelatih Olympiacos Volos di Yunani. Namun, tim tersebut kemudian dikeluarkan dari liga dan kompetisi Eropa karena terlibat dalam skandal pengaturan skor. Setelah itu, Gracia melatih Kerkyra di musim 2011-2012 sebelum kembali ke Spanyol dan melatih Almería pada bulan Juni 2012. Bersama Almería, Gracia berhasil membawa tim tersebut promosi ke divisi teratas dalam satu musim, namun ia meninggalkan klub setelah gagal mencapai kesepakatan baru. Pada tanggal 4 September 2013, Gracia ditunjuk sebagai pelatih Osasuna, klub asal kota kelahirannya. Namun, tim tersebut terdegradasi pada akhir musim meskipun berhasil meraih kemenangan 2-1 atas Real Betis di laga terakhir. Setelah itu, Gracia menjadi pelatih Málaga pada tanggal 30 Mei 2014 dan berhasil membawa tim tersebut finis di peringkat kesembilan dan kedelapan dalam dua musim berturut-turut.