El-Ahmadi memulai karir klubnya di UDI, klub lokal di Enschede, pada usia 9 tahun. Ia kemudian diperhatikan oleh para pencari bakat dari FC Twente dan diundang untuk bergabung dengan akademi mereka. Pada tanggal 21 Maret 2004, El-Ahmadi melakukan debut resminya di tim utama Twente dalam pertandingan tandang melawan FC Utrecht (2-0), di mana ia bermain selama 90 menit. Ia kemudian bermain untuk Twente selama beberapa musim sebelum bergabung dengan Feyenoord pada tahun 2008.
Di Feyenoord, El-Ahmadi menjadi salah satu pemain kunci dalam tim. Ia membuat 33 penampilan pada musim 2007-2008 dan berperan penting dalam kesuksesan Feyenoord lolos ke Liga Champions. Pada April 2008, El-Ahmadi resmi bergabung dengan Feyenoord dengan kontrak lima tahun seharga €5 juta. Ia terus bermain dengan performa yang solid selama beberapa musim di Feyenoord sebelum pindah ke Aston Villa di Premier League pada tahun 2012.
Setelah dua tahun bermain di Aston Villa, El-Ahmadi kembali ke Feyenoord pada September 2014. Ia terus memberikan kontribusi yang signifikan bagi tim, membantu Feyenoord meraih gelar Eredivisie pada musim 2016-2017. Pada tahun 2018, El-Ahmadi pindah ke Al-Ittihad di Liga Profesional Saudi.
Karim El-Ahmadi adalah pemain yang tangguh dan berpengalaman di posisi gelandang bertahan. Ia memiliki kemampuan dalam mengatur permainan serta memberikan kontribusi baik dalam bertahan maupun menyerang. Selama karirnya, El-Ahmadi berhasil meraih berbagai gelar dan menjadi pemain yang diandalkan oleh klub-klub yang pernah ia bela.