Setelah pensiun sebagai pemain, Gaouaoui memulai karir kepelatihannya dengan menjadi asisten manajer pemain di CS Constantine. Pada Desember 2013, ia menjadi manajer sementara klub tersebut. Dia memimpin tim dalam dua pertandingan sebelum digantikan pada awal Januari 2014, namun ia tetap berada di klub tersebut sebagai asisten manajer pemain. Pada Oktober 2015, ia kembali ke JS Kabylie sebagai pelatih penjaga gawang. Dia meninggalkan klub tersebut pada Maret 2018 dan kemudian dipekerjakan oleh tim nasional Aljazair sebagai pelatih penjaga gawang. Pada Oktober 2019, ia diangkat sebagai pelatih penjaga gawang untuk CA Bordj Bou Arréridj. Pada tahun 2002, ia juga pernah menjadi pelatih penjaga gawang di USM Alger.
Selama karirnya, Gaouaoui meraih beberapa penghargaan, antara lain menjadi juara Liga Aljazair dua kali pada tahun 2004 dan 2006 dengan JS Kabylie, menjadi runner-up Liga Aljazair dua kali pada tahun 2002 dan 2005 dengan JS Kabylie, menjadi finalis Piala Aljazair pada tahun 2004 dengan JS Kabylie, dan meraih gelar CAF Cup sebanyak tiga kali pada tahun 2000, 2001, dan 2002 dengan JS Kabylie.