Prestasi pertama yang mencolok dari Pavone di Estudiantes adalah saat ia mencetak 16 gol dalam edisi Clausura tahun 2005, dan menjadi pencetak gol terbanyak dalam kompetisi tersebut. Dia juga menjadi pencetak gol terbanyak bersama dalam Copa Libertadores tahun 2006 dengan lima gol. Pavone dipilih oleh surat kabar olahraga Olé sebagai pemain terbaik dalam turnamen Apertura tahun 2006, di mana ia membantu Estudiantes meraih gelar juara dengan bermain 17 pertandingan dan mencetak 11 gol.
Pada bulan Juni 2007, Pavone bergabung dengan Real Betis dengan harga €6,8 juta. Namun, dalam dua musim pertamanya, dia tidak berhasil memberikan kesan yang baik. Pada musim 2008-2009, Pavone hanya mencetak dua gol, dan Betis terdegradasi ke divisi kedua setelah sembilan tahun. Dia kemudian kembali ke Argentina dengan dipinjamkan ke Club Atlético River Plate pada bulan Juli 2010. Pavone mencetak lima gol dalam Apertura, membantu klub tersebut keluar dari zona degradasi.
Setelah masa peminjaman berakhir, pada bulan Agustus 2011, Pavone bergabung dengan Club Atlético Lanús. Dia tampil apik di semester kedua, mencetak tujuh gol dalam Clausura 2012 dan empat gol dalam Copa Libertadores 2012. Pada bulan Juni 2012, Pavone pindah ke Cruz Azul di Liga MX, di mana dia membantu klub tersebut meraih dua gelar besar dalam dua tahun.
Pada bulan Januari 2015, Pavone bergabung dengan Club Atlético Vélez Sarsfield dengan status pinjaman. Setelah kontraknya berakhir, dia menolak tawaran dari klub pertamanya, Estudiantes, dan bergabung dengan Racing Club de Avellaneda. Setelah lima bulan di Racing Club, Pavone kembali ke Vélez untuk musim 2016.
Pada bulan Juli 2017, Pavone kembali bergabung dengan Estudiantes. Dia melakukan debut liga dalam masa kedua bersama Estudiantes pada tanggal 29 Agustus, bermain penuh dalam kemenangan kandang 2-1 melawan Arsenal de Sarandí. Pada tanggal 22 Mei 2019, Pavone turut berkontribusi dalam kemenangan 5-1 melawan Sarmiento de Resistencia di babak 64 besar.
Follow