Setelah empat musim di Atalanta, Mutarelli dijual ke Genoa pada Januari 1998. Bersama Genoa, Mutarelli tampil sebanyak 138 kali di Serie B.

Pada tahun 2002, Mutarelli pindah lagi, kali ini ke Palermo. Dia menghabiskan dua musim di Serie B bersama Rosanero, sebelum klub tersebut kembali ke Serie A dengan gemilang pada musim 2004-2005. Dia melanjutkan performa apiknya di level tertinggi, dan setelah satu musim, dia mendapat penghargaan berupa kepindahan ke klub ibu kota, Lazio, dengan menandatangani kontrak 5 tahun sebagai pemain bebas.

Musim pertama Mutarelli bersama Biancocelesti berjalan dengan baik, dan dia mempersembahkan gol dalam kemenangan bersejarah 3-0 dalam Derby melawan rival kota Roma.

Pada musim 2007-2008, Mutarelli dihambat oleh cedera dan tidak memiliki musim yang sukses seperti sebelumnya. Dia melakukan debutnya di Liga Champions UEFA tetapi dikeluarkan dari lapangan dalam pertandingan melawan Werder Bremen.

Terlibat dalam sengketa kontrak setelah tidak diikutsertakan dalam skuad Lazio pada awal musim 2008-2009, Mutarelli membawa kasusnya ke pengadilan dan dibebaskan dari kontraknya. Kemudian, dia bergabung dengan Bologna pada Januari 2009.