Choupo-Moting dilahirkan di Hamburg dari ibu Jerman dan ayah Kamerun. Ia mulai bermain sepak bola sejak usia dini dan bermain untuk tim muda Teutonia 05, Altona 93, dan FC St. Pauli sebelum bergabung dengan Hamburger SV pada tahun 2004. Ia bermain sepak bola semi-profesional dengan Hamburger SV II di Regionalliga Nord sebelum mendapatkan kesempatan bermain di tim utama pada Agustus 2007.
Pertandingan pertama Choupo-Moting sebagai pemain Hamburger SV terjadi pada pertandingan Bundesliga pada 11 Agustus 2007, saat ia masuk sebagai pemain pengganti pada menit ke-69 melawan Hannover 96. Choupo-Moting kesulitan untuk menetapkan dirinya di tim Martin Jol dan ia menghabiskan musim 2009-2010 dengan status pinjaman di 1. FC Nürnberg, di mana ia mencetak enam gol dalam 27 penampilan dan membantu Nürnberg mempertahankan status Bundesliga mereka. Setelah kembali ke Hamburg, Choupo-Moting kesulitan untuk memberikan dampak yang signifikan pada musim 2010-2011 dan setelah hanya mencetak dua gol hingga Januari, ia akan dipinjamkan ke 1. FC Köln, namun kepindahannya batal setelah dokumen registrasi terlambat dikirimkan ke Asosiasi Sepak Bola Jerman. Setelah transfer yang gagal, ia menghabiskan separuh musim dengan tim cadangan.
Pada 18 Mei 2011, Choupo-Moting menandatangani kontrak tiga tahun dengan klub Bundesliga 1. FSV Mainz 05 dengan status transfer gratis dari Hamburg. Choupo-Moting mengalami musim 2011-2012 yang sukses dengan klub tersebut, mencetak sepuluh gol di Bundesliga. Namun, ia melewatkan sebagian besar musim 2012-2013 karena cedera lutut dan tidak dapat memberikan dampak. Ia kembali dalam performa terbaiknya pada musim 2013-2014, mencetak sepuluh gol dalam 32 penampilan dan membantu Mainz finis di posisi ketujuh serta lolos ke Liga Europa UEFA, namun pada akhir musim ia memutuskan untuk tidak memperpanjang kontraknya dengan klub tersebut.
Pada 5 Juli 2014, setelah kontrak Choupo-Moting berakhir di Mainz, FC Schalke 04 mengonfirmasi bahwa ia telah menandatangani kontrak profesional tiga tahun dengan mereka hingga 30 Juni 2017. Transfer tersebut dilaporkan sebagai transfer gratis oleh manajer olahraga dan komunikasi Schalke, Horst Heldt. Choupo-Moting diberikan nomor punggung 13. Pada 6 Desember 2014, ia mencetak hat-trick dalam kemenangan kandang 4-0 melawan VfB Stuttgart.
Pada 7 Agustus 2017, Choupo-Moting bergabung dengan tim Premier League Stoke City dengan kontrak tiga tahun. Ia melakukan debut untuk Stoke pada 12 Agustus 2017 melawan Everton. Choupo-Moting mencetak kedua gol dalam hasil imbang 2-2 melawan Manchester United pada 9 September 2017 dan dinobatkan sebagai man of the match oleh BBC Sport. Saat melawan Everton, ia masuk sebagai pemain pengganti, mencetak gol dalam waktu lima menit setelah masuk, tetapi ia juga mengalami cedera dalam proses tersebut dan Stoke kalah 1-2. Choupo-Moting tampil 32 kali di musim 2017-2018, mencetak lima gol saat Stoke terdegradasi ke EFL Championship.
Pada 31 Agustus 2018, Choupo-Moting bergabung dengan juara Ligue 1 Paris Saint-Germain dengan status transfer gratis. Ia melakukan debut untuk klub pada 18 September 2018 dalam kekalahan tandang 2-3 melawan Liverpool di Liga Champions.
Follow