Pada bulan Juli 2008, Mölders pindah ke Rot-Weiß Essen di Regionalliga West. Ia mencetak 28 gol dalam musim pertamanya, lebih banyak dari siapa pun di divisi tersebut pada tahun itu. Pada 28 Januari 2010, ia bergabung dengan FSV Frankfurt di 2. Bundesliga. Ia mencetak tiga gol di paruh kedua musim 2009-2010, dan lima belas gol musim berikutnya, yang membuatnya pindah ke FC Augsburg yang baru promosi ke Bundesliga. Ia mencetak dua gol dalam debutnya bersama Augsburg, mencetak kedua gol pertama klub tersebut di Bundesliga dan mengamankan hasil imbang 2-2 melawan SC Freiburg. Ia mencetak lima gol dalam 29 penampilan di musim pertamanya dengan Augsburg sebelum mengalami cedera yang membuatnya absen hingga November 2012. Ia mencetak gol dalam tiga pertandingan pertamanya setelah kembali beraksi dan menjadi pencetak gol terbanyak Augsburg dengan sepuluh gol di akhir musim. Ia tidak seprolifik musim 2013-2014, namun pada bulan April 2014, ia mencetak satu-satunya gol dalam kemenangan 1-0 melawan Bayern Munich, mengakhiri rekor 53 pertandingan tanpa kekalahan Bayern di Bundesliga.
Pada 7 Januari 2022, Mölders menandatangani kontrak dengan SG Sonnenhof Großaspach untuk sisa musim sebagai pemain dan asisten pelatih. Ia diberikan nomor punggung 33. Hanya beberapa bulan kemudian, pada 29 April 2022, diumumkan bahwa ia akan pindah ke klub Bayernliga, TSV Landsberg, untuk musim 2022-2023 sebagai pemain-pelatih.