Batista memulai karier sepak bola profesionalnya di Argentinos Juniors pada tahun 1981. Bersama klub ini, ia memenangkan Metropolitano 1984, Nacional 1985 dari Primera División Argentina, serta Copa Libertadores 1985. Pada tahun 1988, Batista pindah ke River Plate dan mereka memenangkan gelar liga 1989-1990. Pada tahun 1992, ia pindah ke Nueva Chicago dan kemudian pindah ke PJM Futures di Jepang pada tahun 1993. Batista pensiun sebagai pemain pada tahun 1994 dan selama dua tahun dari tahun 1995, ia menjadi asisten pelatih di 2 klub Jepang. Pada tahun 1997, ia kembali bermain untuk All Boys di Argentina.
Di level internasional, setelah penampilan impresifnya bersama Argentinos Juniors di Copa Libertadores 1985, pelatih Argentina Carlos Bilardo memanggil Batista untuk pertandingan persahabatan melawan Meksiko pada 14 November 1985 yang berakhir dengan skor 1-1. Dengan Piala Dunia FIFA 1986 yang segera datang, Batista dengan cepat menjadi pemain pilihan utama dalam tim nasional sepak bola Argentina. Meskipun pengalamannya yang terbatas di level internasional, ia bermain dalam setiap pertandingan turnamen dan Argentina berhasil memenangkannya. Sebagai pemain reguler dalam skuad, Batista bermain di Copa América 1987, Copa América 1989, dan Piala Dunia FIFA 1990, di mana Argentina menjadi runner-up.
Setelah pensiun sebagai pemain, Batista memulai karier kepelatihannya dengan klub Bella Vista di Uruguay pada tahun 2000. Ia kemudian memiliki dua periode dengan Argentinos Juniors, satu dengan Talleres de Córdoba, dan satu dengan Nueva Chicago. Antara tahun 2005 dan 2006, ia menjadi asisten pelatih Oscar Ruggeri di San Lorenzo. Pada Oktober 2007, Batista diangkat sebagai pelatih kepala tim nasional Argentina U-20, menggantikan Hugo Tocalli. Ia melatih tim sepak bola Olimpiade Argentina yang memenangkan medali emas pada Olimpiade Musim Panas 2008.
Setelah Piala Dunia 2010, manajer tim nasional Argentina Diego Maradona tidak memperpanjang kontraknya, dan Batista diangkat sebagai pelatih sementara pada 27 Juli 2010. Dalam perannya ini, Batista membawa Argentina meraih dua kemenangan (1-0 atas Irlandia dan 4-1 atas juara bertahan Piala Dunia Spanyol) dan mengalami kekalahan dari Jepang dengan skor 0-1. Tiga bulan kemudian, ia ditunjuk sebagai pelatih kepala resmi tim nasional Argentina. Dalam pertandingan pertamanya setelah diangkat sebagai pelatih Argentina, timnya mengalahkan Brasil dengan skor 1-0 melalui gol Lionel Messi di menit ke-90. Pada 25 Juli 2011, AFA mengumumkan bahwa Batista telah mengundurkan diri sebagai pelatih tim nasional Argentina setelah hasil buruk di Copa América.
Follow