García mulai bermain golf pada usia tiga tahun dan diajari oleh ayahnya, Victor, yang merupakan seorang profesional klub. García memenangkan kejuaraan klubnya pada usia 12 tahun. Empat tahun kemudian, ia mencatatkan rekor sebagai pemain termuda yang berhasil memasuki cut pada sebuah turnamen European Tour, yaitu Turespaña Open Mediterrania 1995. Rekor ini kemudian dipecahkan oleh pemain amatir Jason Hak pada November 2008 dalam UBS Hong Kong Open, dengan selisih 107 hari dari rekor García. Pada tahun 1995, García menjadi pemain termuda yang memenangkan Kejuaraan Amatir Eropa. Ia mengikuti itu dengan kemenangan dalam Kejuaraan Amatir Putra pada tahun 1997. García juga memenangkan turnamen profesional, Catalan Open 1997, sebagai seorang amatir. García juga menjadi bagian dari tim Spanyol yang memenangkan Kejuaraan Tim Putra Eropa pada tahun 1996 dan 1997. Pada tahun 1998, ia memenangkan The Amateur Championship di Muirfield dan mencapai semifinal U.S. Amateur. Ia juga finis kedua dalam Argentine Open 1998, menjadi pemain amatir terbaik, dan memenangkan Piala Pereira Iraola.
García beralih menjadi pemain profesional pada tahun 1999 setelah mencetak skor amatir terendah dalam Masters Tournament 1999. Gelar pertamanya di European Tour diraih dalam start ke-6 sebagai seorang profesional, pada Juli 1999 dalam Irish Open. Ia pertama kali mencuri perhatian dunia dengan pertarungan melawan Tiger Woods dalam PGA Championship 1999, di mana ia akhirnya finis kedua dengan selisih satu pukulan. Pada akhir putaran terakhir, García dengan bola yang berada di samping batang pohon di rough kanan pada hole ke-16, dan green yang tidak terlihat, ia memukul dengan keras dengan mata tertutup dan menghasilkan pukulan fade rendah yang berbelok dan masuk ke green. Saat bola bergerak, ia berlari ke fairway dengan gila dan kemudian melompat dengan gaya gunting untuk melihat hasilnya. Tak lama setelah itu, ia menjadi pemain termuda yang pernah berkompetisi dalam Ryder Cup. Pada tahun 2002, dalam putaran latihan, García mencetak albatros (double eagle) pada hole par-5 kedua di Masters, menjadi salah satu dari sedikit pemain yang pernah melakukannya. Pada hole 575 yard (526 m) di Augusta National Golf Club, ia memasukkan bola dengan 2-iron sejauh 253 yard (231 m) setelah melepaskan drive sejauh 325 yard (297 m). Ketika García pertama kali menjadi profesional, ia memiliki pukulan yang tidak lazim dengan lingkaran melingkar dan lag besar yang panjang, dan metode ini dibandingkan dengan Ben Hogan, salah satu pemain terbaik sepanjang masa. Namun, selama musim 2003, ia berusaha membuat pukulannya lebih konvensional, tetapi tetap mempertahankan metode aslinya. Pada awal karirnya, ia sering menggenggam, melepaskan, dan menggenggam kembali tangannya pada pegangan klub sebelum akhirnya melakukan pukulan. Kebiasaan "waggle" ini menimbulkan kehebohan, terutama pada U.S. Open 2002 ketika beberapa penonton berteriak, "Pukul bola, Sergio!", dan beberapa orang terdengar menghitung jumlah genggaman ulang hingga puluhan. Sejak itu, ia telah menghilangkan kebiasaan tersebut. Menanggapi kritik terhadap pukulannya, ia mengatakan, "Pukulan saya berhasil untuk saya, jadi mengapa harus saya ubah? Saya lebih suka memiliki pukulan yang alami dan bermain dengan baik daripada pukulan yang sempurna."