Karir Gonda dimulai di FC Tokyo, klub J1 League, di mana ia tampil dalam 244 pertandingan di semua kompetisi antara tahun 2007 hingga 2016. Selama periode tersebut, ia berhasil memenangkan empat gelar bersama Tokyo dan dua gelar bersama tim nasional Jepang. Debut internasional penuhnya bersama tim nasional Jepang terjadi pada 6 Januari 2010 dalam pertandingan kualifikasi Piala Asia AFC 2011 melawan Yaman.

Setelah sembilan tahun bersama FC Tokyo, Gonda meninggalkan sepak bola Jepang untuk pertama kalinya pada 9 Januari 2016 dengan bergabung dengan SV Horn, klub Liga Regional Austria yang didirikan oleh Keisuke Honda, sebagai pemain pinjaman hingga 31 Desember 2016. Gonda kemudian kembali ke Jepang dan bergabung dengan Sagan Tosu pada tahun 2017 sebelum meninggalkan klub tersebut pada tahun 2018.

Pada tahun 2019, Gonda pindah ke Portugal dan bergabung dengan klub Portimonense SC. Namun, ia kembali ke Jepang dan bergabung dengan Shimizu S-Pulse pada tahun 2021 sebagai pemain pinjaman, sebelum kemudian melakukan transfer permanen setelah satu musim bermain di Shimizu karena klub tersebut terdegradasi dari kasta teratas pada tahun 2022.

Selama karirnya, Gonda juga telah meraih beberapa penghargaan, termasuk masuk dalam Tim Terbaik Piala Asia AFC 2019 dan Tim Terbaik J2 League 2023.