Karier klub Musa dimulai di GBS Football Academy. Pada tahun 2008, Musa dipinjamkan ke JUTH F.C. di mana ia bermain 18 pertandingan dan mencetak empat gol dalam dua musim profesional pertamanya. Ia kemudian dipinjamkan ke Kano Pillars F.C. pada musim 2009-2010 di mana ia mencetak sejumlah gol penting dan membantu Pillars finis di posisi kedua. Musa memegang rekor gol terbanyak dalam satu musim dalam sejarah Liga Premier Nigeria hingga November 2011, ketika Jude Aneke dari Kaduna United F.C. mencetak rekor baru dengan 20 gol.
Pada musim panas 2010, Musa pindah ke klub Belanda, VVV-Venlo. Namun, kepindahannya tertunda karena saat itu ia baru berusia 17 tahun dan tidak memenuhi syarat untuk ITC sesuai dengan aturan FIFA saat itu. Ia resmi memenuhi syarat untuk bermain bersama VVV-Venlo pada 14 Oktober 2010 ketika ia berusia 18 tahun. Kurang dari seminggu setelah bergabung dengan klub, Musa melakukan debutnya untuk VVV-Venlo melawan FC Groningen pada 30 Oktober. Ia menjadi pemain inti VVV-Venlo, dan dalam pertandingan tersebut ia mendapatkan penalti setelah dilanggar pada menit ke-50. Musa dianggap sebagai salah satu dari 100 bintang sepak bola muda terbaik di dunia yang harus diperhatikan pada tahun 2011 oleh Goal.com. Ia juga masuk dalam daftar Sepuluh Pemain Internasional Nigeria Terbaik 2010 versi Goal.com dan masuk dalam daftar IFFHS sebagai salah satu dari 140 pemain terbaik di dunia. Pada 8 Maret 2011, Ahmed Musa memenangkan penghargaan pemain sepak bola tahun ini (nasional) dari AIT. Acara tersebut dihadiri oleh pemenang BBC African Footballer of the Year, Asamoah Gyan dari Ghana, dan pejabat-pejabat penting dari federasi sepak bola Nigeria termasuk presiden Aminu Maigari. Pada bulan April, direktur sepak bola Venlo, Mario Captien, mengatakan bahwa perwakilan dari Tottenham Hotspur telah mengunjungi klub untuk membahas pemain ini, dan juga pengamat Ajax, Tijani Babangida, mengatakan bahwa Ajax tertarik pada Musa tetapi keputusan akan dibuat pada akhir musim. Pada 1 Mei 2011, Musa mencetak dua gol untuk mengalahkan Feyenoord dengan skor 3-2 dan mengakhiri segala kekhawatiran tentang terdegradasinya VVV-Venlo secara otomatis dari Eredivisie. Pada Agustus 2011, setelah kembali dari Piala Dunia FIFA U-20 2011 di Kolombia, Musa membuat penampilan pertamanya di musim 2011-2012 melawan AFC Ajax dan mencetak dua gol. Pada bulan September, Ketua VVV-Venlo, Hai Berden, mengungkapkan di Eredivisie Live bahwa VVV-Venlo menolak tawaran terakhir sebesar 10 juta euro untuk Musa dari Bundesliga. Nama klub Bundesliga tersebut tidak diungkapkan.
Pada 7 Januari 2012, Musa bergabung dengan klub Rusia, CSKA Moscow, dengan biaya yang tidak diungkapkan. Pada 17 September 2014, ia mencetak gol penghiburan pada menit ke-82 dalam kekalahan 5-1 dari A.S. Roma dalam pertandingan tandang Liga Champions UEFA. Pada 1 Juni 2015, Musa menandatangani kontrak baru selama empat tahun dengan CSKA Moscow hingga akhir musim 2018-2019. Ia menjadi pencetak gol tertinggi ke-5 dalam musim 2015-2016 di Liga Premier Rusia, dan menjadi salah satu dari tujuh pemain berusia 23 tahun atau lebih muda yang mencapai dua digit gol dalam dua musim terakhir di tujuh liga teratas Eropa.
Pada 8 Juli 2016, Musa pindah ke Leicester City dengan biaya transfer klub sebesar £16,6 juta, yang merupakan rekor klub saat itu. Ia mencetak gol pertamanya untuk klub dalam pertandingan persahabatan melawan Barcelona dalam turnamen Intern
Follow