Aliyudin juga telah berprestasi di tim nasional Indonesia. Pada tahun 2003, ia bermain di Sea Games bersama tim U-23. Pada tahun 2004, ia turut berpartisipasi dalam Piala Asia dan Pra Piala Asia. Pada tahun 2008, Aliyudin bermain di AFF Suzuki Cup bersama tim senior Indonesia.
Selain itu, Aliyudin juga meraih beberapa penghargaan individu. Pada tahun 2001, ia menjadi Top Scorer Divisi Satu. Prestasi ini menunjukkan kemampuan dan ketajaman Aliyudin dalam mencetak gol.
Dengan segala prestasi dan kualitasnya sebagai pemain, Aliyudin Ali telah meninggalkan jejak yang mengesankan dalam dunia sepak bola Indonesia. Meskipun sudah tidak aktif bermain, namun kontribusinya dalam tim nasional dan klub-klub favoritnya tetap dikenang oleh para penggemar sepak bola di Indonesia.