Selama karier klubnya, Endra Prasetya pernah bermain untuk Persebaya Surabaya. Bersama klub ini, ia berhasil meraih beberapa gelar juara. Pada tahun 2003, Endra Prasetya berhasil membantu Persebaya Surabaya meraih gelar juara Liga Indonesia Divisi Pertama. Kemudian, pada tahun 2004, ia juga turut membantu klub tersebut meraih gelar juara Liga Indonesia Divisi Utama.
Endra Prasetya adalah sosok yang dihormati dalam dunia sepak bola Indonesia. Meskipun telah pensiun sebagai pemain, ia tetap dikenang sebagai seorang penjaga gawang yang berbakat dan berdedikasi. Kontribusinya dalam membawa tim nasional Indonesia dan klubnya meraih prestasi membuat namanya terukir dalam sejarah sepak bola Indonesia.