Karier klub Muñoz dimulai ketika ia berusia 18 tahun dan melakukan debutnya di liga bersama Boca Juniors pada pertandingan melawan Estudiantes de La Plata pada turnamen Clausura 2009 yang berakhir dengan kekalahan 0-1. Sebelumnya, ia juga telah bermain dengan tim tersebut pada Copa Sudamericana 2008. Namun, kemajuannya di tim terhenti setelah ia mengalami cedera ligamen lutut yang cukup parah. Ia kembali bermain pada turnamen Clausura 2010 dalam pertandingan imbang 2-2 melawan Argentinos Juniors.

Pada Agustus 2010, Muñoz pindah ke klub Serie A, Palermo, setelah pengumuman resmi dari klub tersebut. Ia melakukan debutnya bersama klub Sisilia tersebut pada tanggal 26 Agustus 2010, saat menjadi pemain inti dalam pertandingan leg kedua babak play-off Liga Europa UEFA 2010-2011 melawan NK Maribor. Pada tanggal 29 Agustus 2010, ia melakukan debutnya di Serie A dalam pertandingan melawan Cagliari.

Pada tanggal 2 Februari 2015, Sampdoria mengonfirmasi bahwa mereka telah meminjam Muñoz. Namun, setelah hanya empat pertandingan, pada tanggal 18 Juli 2015 ia menandatangani kontrak 4 tahun sebagai pemain bebas dengan Genoa. Pada tanggal 8 Agustus 2017, Muñoz kembali pindah klub dan negara dengan menandatangani kontrak tiga tahun dengan klub La Liga, CD Leganés, dengan biaya transfer yang dikabarkan sebesar €2 juta. Sepuluh hari kemudian, ia melakukan debutnya untuk klub tersebut dalam kemenangan kandang 1-0 melawan Deportivo Alavés. Pada tanggal 12 Juni 2019, Muñoz bergabung dengan klub Argentina, Lanús. Pada tanggal 26 September, ia bergabung dengan klub Argentina lainnya, Independiente.

Pada tanggal 14 Januari 2022, Muñoz kembali ke klub asalnya, Estudiantes de La Plata, setelah menandatangani kontrak baru.

Di level internasional, pada tahun 2009, Muñoz dipanggil oleh pelatih tim nasional Argentina, Diego Maradona, untuk pertandingan persahabatan melawan Panama dalam skuad yang terdiri dari pemain sepak bola yang berbasis di liga Argentina. Namun, ia harus absen setelah mengalami cedera ligamen lutut yang serius.

Hingga tanggal 24 Agustus 2018, statistik karier Muñoz belum dijelaskan secara rinci.

Referensi mengenai informasi ini tidak ditemukan.