Eguren memulai karier klubnya di Montevideo Wanderers pada tahun 1999, sebelum kemudian bermain untuk beberapa klub seperti Rosenborg BK di Norwegia, Hammarby IF di Swedia, dan Villarreal CF di Spanyol. Bersama Villarreal, Eguren menjadi bagian penting dalam kesuksesan klub tersebut dengan menempati posisi kedua di La Liga pada musim 2007/2008. Pada musim berikutnya, ia mencetak gol pertamanya untuk klub dalam pertandingan melawan Getafe CF.
Setelah pengalaman bermain di Eropa, Eguren kembali ke Amerika Selatan dan bergabung dengan Sociedade Esportiva Palmeiras di Brasil pada tahun 2013. Di sana, ia berhasil membantu klub meraih gelar juara Campeonato Brasileiro Série B pada tahun 2013. Namun, Eguren jarang mendapatkan waktu bermain di Série A dan akhirnya kembali ke Montevideo Wanderers sebelum memutuskan untuk pensiun.
Setelah pensiun sebagai pemain, Eguren memulai karier sebagai pelatih. Ia banyak bekerja sebagai asisten pelatih, terutama sebagai asisten dari Martín Lasarte. Eguren terus berkontribusi dalam dunia sepak bola dengan pengalamannya sebagai pemain dan pengetahuannya sebagai pelatih.