Selama berkarir di Persipura Jayapura, Yoo berhasil meraih beberapa prestasi yang mengesankan. Bersama timnya, ia berhasil memenangkan Indonesia Super League pada musim 2010-2011 dan 2013. Selain itu, ia juga menjadi bagian dari tim yang meraih Indonesian Inter Island Cup pada tahun 2011 dan Indonesia Soccer Championship A pada tahun 2016.
Kehebatan Yoo sebagai penjaga gawang tidak luput dari perhatian, hal ini terbukti dengan diraihnya penghargaan Indonesia Super League Best Goalkeeper pada tahun 2013. Penghargaan ini menjadi bukti bahwa Yoo adalah salah satu penjaga gawang terbaik di Indonesia saat itu.
Meskipun kini telah pensiun dari dunia sepak bola, kontribusi dan prestasi yang telah diraih oleh Yoo Jae-hoon dalam karirnya akan selalu dikenang. Penampilannya yang gemilang sebagai penjaga gawang Persipura Jayapura telah memberikan kontribusi besar dalam kesuksesan timnya meraih berbagai gelar juara.