Zapata memulai karirnya di Kolombia bersama Deportivo Cali pada tahun 2004, kemudian pindah ke klub Serie A, Udinese, pada tahun berikutnya. Setelah beberapa musim bersama Udinese, Zapata bergabung dengan klub Spanyol, Villarreal. Pada tahun 2012, ia kembali ke Italia dan bergabung dengan AC Milan. Setelah kontraknya bersama Rossoneri berakhir, ia bergabung dengan klub Serie A lainnya, Genoa, pada tahun 2019, dan kemudian pada tahun 2021 ia bergabung dengan klub Argentina Primera División, San Lorenzo.
Sebagai pemain internasional Kolombia sejak tahun 2008, Zapata telah mewakili negaranya pada edisi Copa América tahun 2011, 2015, 2016, dan 2019, serta Piala Dunia FIFA tahun 2014 dan 2018.
Pada awal karirnya, Zapata adalah produk dari akademi pemuda Deportivo Cali dan dengan cepat dipromosikan ke tim utama pada tahun 2004. Di musim pertamanya, Zapata bermain total 25 pertandingan dengan Los Azucareros sambil juga memperkuat dirinya sebagai komponen kunci di lini belakang tim. Setelah menunjukkan kualitas yang baik dalam pertahanan di musim debutnya, beberapa tim Eropa tertarik untuk mendapatkannya. Akhirnya, takdirnya berada di Udine dan ia bergabung dengan klub Serie A, Udinese. Pada tanggal 31 Agustus 2005, Zapata bergabung dengan Udinese dari Deportivo Cali dengan biaya transfer €550,000.
Zapata melakukan debutnya bersama Udinese pada tanggal 19 November 2005 melawan Messina Pelero dalam pertandingan Serie A. Pada tanggal 18 September 2006, Zapata menandatangani kontrak baru selama lima tahun. Musim itu, ia bermain sebagai starter dalam 35 pertandingan Serie A. Pada bulan Juni 2008, Zapata mengalami cedera dan absen selama 6 bulan. Pada musim 2009-2010, Zapata biasanya bermain sebagai bek tengah, berpasangan dengan Andrea Coda.
Setelah musim 2010-2011, Cristián Zapata mengklaim bahwa banyak klub top Eropa yang tertarik untuk membelinya. Zapata kemudian bergabung dengan Villarreal CF pada tanggal 12 Juli 2011. Debutnya dalam La Liga terjadi pada tanggal 29 Agustus melawan FC Barcelona di Camp Nou. Pada awal musim, Zapata menjadi pemain inti dan pemain kunci untuk Miguel Ángel Lotina. Ia sering bermain sebagai bek kanan atau bek tengah. Pada tanggal 31 Oktober, Zapata mengalami cedera lutut yang membuatnya absen selama 35 hari. Setelah pulih dari cedera, ia kembali bermain dalam pertandingan terakhir grup Liga Champions melawan Napoli. Villarreal kemudian finis terakhir di grup mereka dengan 0 poin.
Pada pertandingan terakhir musim, Zapata bermain penuh waktu melawan Atletico Madrid saat Villarreal terdegradasi dengan gol tunggal dari rekan senegara, Radamel Falcao. Secara total, Zapata bermain 32 pertandingan di semua kompetisi musim itu.
Follow