Saviola meraih gelar juara liga di Argentina, Spanyol, Portugal, dan Yunani selama karir bermainnya, serta sebuah Piala UEFA. Ia juga pernah membela tim nasional Argentina selama tujuh tahun, termasuk tampil di Piala Dunia 2006 dan Copa América 2004 di mana Argentina berhasil mencapai final. Pada Olimpiade Athena 2004, Saviola meraih medali emas.
Karir klub Saviola dimulai di River Plate di mana ia membuat debut pada usia 16 tahun. Ia menjadi pencetak gol yang produktif bagi klub tersebut, membantu River Plate meraih gelar Apertura 1999 dan Clausura 2000. Pada tahun 1999, ia juga meraih penghargaan Pemain Sepak Bola Amerika Selatan Terbaik. Pada usia yang masih sangat muda, Saviola mendapatkan reputasi sebagai prospek yang fenomenal dan bahkan dianggap sebagai pewaris potensial Diego Maradona setelah ia memecahkan rekor Maradona pada tahun 1978 sebagai pemain termuda yang memenangkan penghargaan Sepatu Emas.
Pada tahun 2001, Saviola pindah ke FC Barcelona dengan nilai transfer £15 juta. Ia mendapatkan kewarganegaraan Spanyol sehingga tidak terbatas oleh aturan liga Spanyol mengenai jumlah pemain non-Uni Eropa yang diperbolehkan dalam satu tim. Di bawah pelatih Carles Rexach, Saviola mencetak 17 gol pada musim pertamanya dan menjadi pencetak gol terbanyak keempat di La Liga. Pada musim keduanya di Barcelona, ia mengalami awal yang sulit dengan hanya mencetak dua gol pada paruh pertama musim. Namun, setelah pergantian pelatih, ia mampu mencetak 11 gol pada paruh kedua musim. Pada musim 2003-2004, Saviola mencetak 14 gol di liga, tetapi dianggap tidak diperlukan oleh klub dan dipinjamkan ke AS Monaco dan kemudian Sevilla FC. Bersama Sevilla, ia meraih gelar pertamanya di Eropa dengan memenangkan Piala UEFA.
Pada tahun 2007, Saviola bergabung dengan Real Madrid setelah kontraknya dengan Barcelona berakhir. Namun, ia mengalami masa sulit di Real Madrid dengan terbatasnya kesempatan bermain di liga dan Liga Champions. Kedatangan Klaas-Jan Huntelaar semakin membatasi kesempatannya dan ia hanya mencetak lima gol dalam 28 penampilan bersama Real Madrid.
Pada tahun 2009, Saviola pindah ke Benfica dengan nilai transfer €5 juta. Ia bermain di Portugal selama tiga tahun dengan opsi perpanjangan satu tahun. Bersama Benfica, ia tampil impresif dengan mencetak dua gol dalam laga semifinal Guadiana Trophy melawan Athletic Bilbao.
Follow